Das Arnikaprojekt setzt zu einem Zeitpunkt ein, wo der Rückgang durch Landschaftswandel und Intensivierung der Landwirtschaft bereits zu einem weitläufigen Verschwinden ihrer Lebensräume geführt hat. Die verbliebenen Vorkommen sind Refugien und Restbestände. Auch dort, wo die Arnika noch vorkommt, kann ihr Fortbestand gefährdet sein. Dabei spielen vor allem Nutzungswandel, Brache oder ungewollte Nährstoffeinträge – aus der Luft oder benachbarten Nutzflächen – eine Rolle. Auch eine reine Pflegemahd kann Probleme bereiten.